Como dito aqui e aqui, o Nubank não tem problemas com o uso da API pública deles, no entanto a autenticação por QR Code a cada 2-3 horas inviabiliza o uso para integrações(CRM, Aplicativos de finanças etc…, controladores de custo) e desenvolvimento de aplicativos para plataformas não suportadas(Windows Phone, BlackBerry[a qual estou desenvolvendo], Kai OS).
A re-ativação do refresh token que funcionava no passado permitiria realizar o fluxo do QR Code apenas uma vez e ajudaria bastante os desenvolvedores, já que o usuário não precisaria escanear o QR toda hora.