Você pode pagar parcialmente a fatura apenas com o valor da recarga. Assim, a fatura final ficará apenas com os valores das demais compras. 
Como faço um pagamento parcial da fatura?
Basta gerar um novo boleto:
Acesse o painel de Cartão na tela inicial do app;
Selecione sua “Fatura Fechada”;
Toque em “Gerar Boleto” e então, em “Alterar Valor” ou “Outro Valor”, para editar o valor que deseja pagar;
Para finalizar, selecione “Gerar Boleto” novamente.