Coloquei no agendamento 2 boletos de mesmo valor, mesmo dia de pagamento. Tudo igual, mas com códigos de barra diferentes.
São duas contas de celular, minha e da esposa.
Uma foi paga e a outra estornada, tentei mais 3 vezes inclusive com outro código de barras mas mesmo assim foi estornada.
A atendente disse que o motivo é ser da mesma empresa, mesmo valor e mesmo dia de pgto.
Algo errado! Alguém pode esclarecer? Não pode existir 2 pagamentos semelhantes com códigos de barra diferentes?
Acredito que, como existe semelhança em:
talvez o Nubank tenha assossiado com um “golpe”, ou algo do tipo, como se alguém tivesse roubado seu cartão e estivesse emitindo boletos iguais para pagar a ele mesmo.
Não sei se ficou confuso, mas enfim, nesses casos a melhor opção é você falar no Chat com o Nubank!
Tenta gerar com um centavo de diferença para ver se ajuda ! 
Se o código do pagamento for diferente o atendente foi equivocado, era para ter processado mesmo assim. Tente novamente contato, por telefone, se te informarem a mesma coisa abra uma reclamação na Ouvidoria.
Provavelmente o Nubank detectou erroneamente duplicidade no pagamento do boleto. O sistema deve ter achado que você pagou o mesmo boleto sem querer duas vezes.
Tente descobrir qual foi o boleto estornado e pague manualmente. Vale também, notificar o Nubank para que esse falso positivo não aconteça mais.
Boa sorte 
Acontece isso com os Boletos gerados pela NuConta, não é aconselhável geral Boletos dos mesmo valor, no mesmo dia, já houve casos aqui na Comunidade que informaram até estorno de um deles.
Acho que você está confundido com boletos gerados pela NuConta.
O criador do tópico teve problemas com boletos pagos com a NuConta, de valores idênticos e referentes a uma operadora de celular.
Como eu disse, provavelmente o sistema acusou duplicidade incorretamente
É boleto de concessionária, não dá para alterar o valor
Paguei mais 2 vezes manualmente, pedi a operadora outro boleto com outro código de barras e mesmo assim estornou.
Tive de pedir ajuda a um amigo para pagar a conta que estava vencida dia 10 (domingo). Não dava tempo de transferir para a Caixa.
Não, pior que não me confundi.
Eu acho que é um fator de segurança o Nubank não pagar um segundo boleto quase idêntico.
De qualquer forma, mudou o código de barras, mudou a fatura. Erro do Nubank.
Se não me engano, é uma prática comum a todos os bancos.
Entendi. Erro do Nubank mesmo!
Sim, como o código é diferente, deveria ter deixado pagar!