Respondendo objetivamente, e lembrando que não sou especialista:
a taxa na compra faz parte do custo de aquisição, portanto entendo que deve ser considerado o valor total;
da mesma forma, a taxa na alienação reduz o lucro sobre o qual será calculado o imposto a ser recolhido, portanto entendo que deve ser considerado o quanto você recebeu.
No caso de múltiplas operações, recomendo uma espiada no post que fiz abaixo sobre a dinâmica do preço médio:
que não sou especialista: