Gostaria de saber se pedir aumento de limite duas vezes seguida diminui o score
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Possivelmente. Cada consulta geralmente afeta. 
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As consultas nos orgãos de proteção ao crédito são mais comuns quando você solicita o cartão de crédito pela primeira vez, mas sim, nada impede que uma nova consulta seja realizada. E cada consulta no seu CPF tem grande chance de reduzir o score.
O recomendado é realizar um novo pedido de 3 em 3 meses, seja para solicitar o cartão de crédito ou aumento de limite. Logo, não vejo necessidade de pedir duas vezes seguidas se a primeira foi negada em pouco tempo.
O meu aumento de limite chegou de forma automática; todos os pedidos que fiz em meio tempo foram negados. Então, o jeito é ter paciência e ir usando o cartão que logo o aumento chega. 
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mais ao solicitar aumento na nubank não gera consulta
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O Nubank não costuma consultar muito os birôs de score pra conceder limite já tendo um pré-aprovado, mesmo fazendo o pedido de aumento pelo app. Já fiz vários, e por aqui só foi consultado quando pedi o cartão de crédito.
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Então eu pedi e foi negado mas eles liberaram aí pedi pela segunda vez
Então não diminui o score
Então não preciso me preocupar?
Nao vejo necessidade para tal preocupação. Como já foi citado pelo @Astronis. O limite vem de forma automática.
Score é um índice muito relativo, às vezes sobe, despenca. Varia.
Você tem que se preocupar com empresas que consultam seus scores sem autorização prévia e a quantidade de consultas.
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Esses dias olhei quem consultou meu score durante 12 meses e durante esse tempo o Nubank olhou só uma vez quando foi liberar o meu cartão de crédito nunca mais olhou e eu peço aumento. O que o Nubank vê e a sua movimentação da sua conta em questão como vc utiliza seu cartão de crédito foi assim que consegui meus aumentos de limite nele
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