É isso mesmo, você mesmo deve calcular. E, para isso, esse extrato que o @Manoel_Enio trouxe nesse tópico é essencial.
Agora, um alerta 
: uma vez que você fez vendas em 2023, a mesma metodologia que você adotar para obter o lucro em cada operação você vai ter que usar para obter o “valor em 31/12/2022” e o “valor em 31/12/2023” a serem inseridos na declaração de bens. O informe de rendimentos do Nubank traz o “Custo em 2022” e o “Custo em 2023” calculados segundo o método UEPS. Se você for apurar o seu lucro pelo método do custo médio, você vai ter que ignorar essas informações de “Custo em 2022” e “Custo em 2023” que o Nubank colocou no informe, e calcular você mesmo esses valores, pelo mesmo método do custo médio.
EDIT: 
Apenas para ilustrar, usando a mesma sequência de operações do exemplo que eu tinha dado neste post (clique para acessar), eu planilhei como ficaria a evolução da carteira, com os cálculos de custo dos ativos em carteira e o lucro apurado usando os dois métodos.
Observem que a diferença começa a ocorrer quando existe uma operação de venda. E depois da primeira venda ela se propaga por toda a vida da carteira, ou seja, uma vez começando com um método, é importante manter sempre o mesmo método.
Em linhas gerais, por que fica diferente?
No método do custo médio, no momento da venda o custo médio de aquisição de cada ativo na carteira era R$ 0,80. Se eu vendi 20 ativos por 100 reais, esses ativos que eu vendi me custaram 20 * 0,80 = R$ 16. Esses custo de R$ 16 dos ativos vendidos sai do valor da carteira, que passa de R$ 72 a R$ 56. E o lucro desta venda foi de R$ 84 (100 - 16).
No método UEPS eu não faço a média, cada ativo mantém o preço pelo qual foi adquirido, e eu vou vender primeiro aqueles ativos que entraram por último na carteira. Como os últimos 30 ativos antes da venda foram recebidos em bônus (custo zero), e eu só vendi 20 ativos, todos os ativos vendidos me custaram R$ 0. Assim, não vai ser alterado o valor da carteira, que vai continuar sendo R$ 72, bem como o lucro vai ser tudo o que eu embolsei na venda: R$ 100.