Todas as vezes que eu tento usar meu NuBank no ifood e no 99, o app recusa o cartão e isso só acontece nesses dois aplicativos. Ja tentei utilizar tanto o cartão virtual quanto o fisico e sempre recusam os dois!!!
Não uso app e nunca vi relatos sobre isso, mas com certeza não é normal.
O que você pode fazer é entrar em contato com o Nubank e perguntar se eles receberam alguma tentativa de compra desses apps, em caso de negativa eles irão orientar a entrar em contato com o suporte desses aplicativos.
Utilizo no 99 e nunca tive problemas. Se não me engano eles retiram um valor irrisório no momento do cadastro e depois cancelam, só para ver se o cartão é mesmo válido.