Levando em consideração apenas o fato de você ter “copiado” e “colado” o boleto, é bem mais fácil entender que o problema foi gerado pelo App que pagou a conta, ou seja, o CAIXA TEM.
O Nubank só GEROU O BOLETO correto. Quem PAGOU O BOLETO ERRADO foi o Caixa Tem.
Acredito que o problema foi gerado pelo caixa tem, e não pelo Nubank.
POUCA coisa acredito que o Nubank possa fazer. Mas não custa nada tentar o meio mais rápido: 0800.