Sim, pagar a fatura adiantado influencia negativamente no score do Serasa.
Elas já foram questionados sobre isso e é um bug conhecido, mas sem data para regularizar.
O que dá pra fazer é ficar pedindo pra empresa do cartão (no caso o Nubank) retificar os dados e mandar os adiantamentos como se fosse um pagamento único enquanto eles não arrumam.