Boa tarde @Djonata! Seja muito bem-vindo a NuCommunity!
Parece estar havendo um problema na compensação dos boletos mesmo, mas seu problema pode ser outro…
Não é recomendado pagar um valor diferente do que o boleto realmente é. Você deveria ter feito outro boleto de R$5.000,00 pra depositar, ao invés de pagar o de R$8.000,00 parcialmente. Como o prazo é 3 dias úteis, recomendo que você espere até amanhã. Caso não caia, recomendo que procure o Nubank pra ver o que pode ter ocorrido.