Mesmo a conta do Nubank sendo uma conta de pagamentos, ela pode ser usada para receber seguro desemprego, pois tem diversas funcionalidades análogas à conta corrente. Na verdade, a Resolucao CODEFAT 957/2022 não especifica o tipo de conta a ser usado para receber o seguro desemprego (mas tem algumas restrições: não pode ser conta salário, não pode ser conta conjunta, tem que ser de mesma titularidade). A necessidade de identificar entre conta corrente e conta poupança decorre da necessidade de fazer esse tipo de identificação nas transferências via TED, sendo que normalmente as contas de pagamento recebem sem problemas as TEDs feitas para contas identificadas como conta corrente (é o caso do Nubank).
Assim, na hora de preencher os formulários e indicar se a conta é corrente ou poupança, é recomendado indicar que é uma conta corrente.
Importante também atentar para o preenchimento dos dados (identificação do banco, conta, agência) para não ter dor de cabeça depois.
A referência à resolução que citei acima eu encontrei aqui: 
Solicitar o Seguro-Desemprego (www.gov.br)