Bem vindo, @Zenon_Rocha, à nossa Comunidade.
Dê uma olhadinha neste tópico (clique para acessar) que explica as diferentes formas como é feito o estorno de compras parceladas.
O seu caso provavelmente se enquadra na situação 2 descrita ali:
Ou seja, você deve ter recebido o estorno no valor total da compra, e as parcelas ainda estão sendo cobradas.
Se não foi isso, oriento a entrar em contato com o atendimento Nubank pelo chat para esclarecer a situação.
Você pode usar outros canais também. Veja todos eles aqui:
Entre em contato com o Nubank