Na verdade não @Willian_Claro, no caso de empréstimo consignado o desconto já é feito direto na Folha de Pagamento/Holerith, por exemplo, se você recebe R$ 1.000,00 e tem um consignado de R$ 200 por mês na sua folha de pagamento estará esse desconto do empréstimo e no banco só cairá R$ 800.
Se você fizer a portabilidade o desconto irá continuar saindo da folha e você receberá os R$ 800 na NuConta.
Falo isso pois possuo um consignado no BB (que já tá quase no fim 
) e fiz a portabilidade de salário. O desconto tá lá na folha de pagamento e o que recebo é o que eu recebia.
Isso na questão de fazer só a portabilidade de salário, você pode optar por fazer a portabilidade do empréstimo também, mas são coisas distintas e nem todos bancos oferecem essa opção.