A história do Nubank inicia-se com David Vélez, um colombiano radicado nos Estados Unidos. Em outubro de 2012, ele vem para a cidade de São Paulo tentar abrir um escritório do fundo Sequoia, mas nada dá certo até então. Frustado com sua experiência nos bancos do país, decide então, junto com Cristina Junqueira e Edward Wible, fundar uma startup que oferte serviços bancários sem qualquer tarifa em 6 de maio de 2013.
O escritório era uma casinha localizada no bairro Brooklin em São Paulo. Depois de um ano, precisaram de um lugar maior para abrigar seus 300 funcionários e mudaram para a Avenida Brigadeiro Luis Antônio e depois mudaram ainda para o bairro Pinheiros. A empresa então passou a destacar-se do sistema de bancos pois além de não cobrar tarifas oferece um atendimento desburocratizado para seus clientes. Em 2014 começou a receber aporte de fundos de investimento internacional.
A primeira compra realizada com um cartão Nubank ocorreu em 1º de abril de 2014. Em 2018, o Nubank atingiu o status de startup unicórnio ao atingir avaliação de preço de mercado no valor de 1 bilhão de dólares, sendo a terceira empresa brasileira com esta marca até então.
Atualmente, tem como investidores Sequoia Capital, Kaszek Ventures, Tiger Global Management, Founders Fund, Goldman Sachs, QED Investors, DST Global, Redpoint Ventures, Ribbit Capital, Dragoneer Investment Group, Thrive Capital e Tencent.
Em 2018, após o lançamento do novo design do seu cartão, a empresa entrou para o Guinness Book ao fazer o maior unboxing do mundo.