É isso mesmo, o cartão para adicionar limite do Nubank gera faturas normalmente. O dinheiro adicionado não é utilizado para quitar a fatura, a não ser que você faça esse procedimento manualmente no app.
Como pagar a fatura do cartão Nubank com esse tipo de limite?
O valor adicionado como limite no cartão não é automaticamente usado para realizar o pagamento da fatura. O recomendado é que a pessoa pague a fatura utilizando uma quantia que esteja em sua conta normal – não o próprio valor que foi separado do limite.
Assim, o limite pré-aprovado fica sempre disponível e não é preciso começar do zero no mês seguinte.
Dê uma lida no artigo abaixo para entender certinho como isso funciona! 
https://blog.nubank.com.br/cartao-para-adicionar-limite-no-nubank/