Hum… 
Então, no momento estou trabalhando em uma faculdade e pelo menos aqui tem diferença de preço para mesmos meios de pagamentos.
Exemplo:
- O boleto da facul, se pagar até o dia 05 (exemplo) é um preço c/desconto de 5% à vista.
- O boleto emitido por outro banco depois do dia tal é s/desconto.
- E boleto no crédito é outro valor.
E deixo aqui a dúvida, será que esse boleto via app do Nubank, não estaria sendo adicionado como boleto de crédito? Pois, aí sim teria juros, mas de qualquer forma você escolheria o saldo da conta e não resultaria em juros a mais…
Por isso, que é bom verificar com a sua faculdade primeiro, se tem diferença de preço em dias diferentes, além do site para somente depois você verificar com o atendimento do Nubank, o motivo de vir valores diferentes.
Ahh… De toda forma, receba meu Bem vindo a NC 