Se fez a emissão do boleto pelo app nubank e pagou em 24h, o erro aparenta ter ocorrido pelo Banco do Brasil (em não pagar) e não pelo Nubank (em não receber).
Verifique também se o pagamento não foi realizado após o prazo de compensação do mesmo.
Novamente o erro foi ocasionado pela operadora e não pelo Nubank.
Entendo sua frustração.
Mas pelo que parece, o problema não estava no poder do Nubank resolver.
(lembrando que somos usuários do sistema e não funcionários da empresa)
Qualquer dúvida, fique a vontade em consultar o atendimento nubank:
0800 608 6236
Tenha uma boa semana!