Vamos lá.
Fazendo uma simulação só pra vc entender.
Supondo que sua fatura fechada seja R$1.000,00 e a fatura em aberta seja de R$600,00.
Se vc pagou R$2.000,00 (R$1.000,00 x 2), os R$1.000,00 a mais vão quitar a fatura aberta e os R$400,00 que passaram vão ficar como crédito no cartão para compras futuras, ou seja, se vc fizer uma compra de R$200,00 ela já vai ser paga automaticamente.
A partir do momento que vc gastar os R$400,00 que sobraram, as compras começam a somar na fatura em aberto.
Observe esse print do app do Nubank.
Eu acho que se vc preferir, esse valor adicional pode ser devolvido para sua conta. Mas tem que entrar em contato com o atendimento pra eles verem certinho se é possível ou não.