Os boletos são aceitos sim.
O que não dá é pagar os tributos (IPVA/DPVAT/Licenciamento) informando somente o RENAVAM do veículo, como em outras redes bancárias. Dessa forma a baixa é imediata. Mas infelizmente o Nubank ainda não aceita.
Mas se você precisa pagar o boleto especificamente, dá sim 