Sim, mas para isso apenas 2 soluções possiveis.
1 Nubank deixar de ser instituição de pagamento e virar banco
Bancos que aceitam deposito por app, Inter (077) e Sofisa (637).
Itau (341) e Bradesco (237) também permitem deposito de cheque por imagem no app
2 Nubank fazer parceria com algum banco e este prestar os serviços que por ele não podem ser prestados
Neon por exemplo, instituição de pagamento, mas alguns dos serviços prestados tem o suporte do Banco Votorantim (655), CDB, conta corrente
Neste caso a Neon Pagamentos e Banco Votorantim tem o CNPJ separado
A Neon não permite deposito por cheque, mas se assim desejar pode faze-lo através do Votorantim