Bom dia!
Na verdade se faltou um número esse boleto não era nem para ter sido liberado para pagamento, e ao tentar efetuar o pagamento o mesmo acusar erro no código de barras.
O zero que faltou foi em qual parte do código? Se foi o último número alguns bancos reconhecem como nada. (Não todos). Se possível tente fazer o cancelamento do boleto entrando em contato com a instituição que você usou para pagar o boleto.