Olá, @Kanskje, tudo bem?
Esta é uma ótima pergunta! Afinal, queremos ter a melhor rentabilidade possível em nossos investimentos, não é mesmo?
De forma direta, não faz diferença deixar o montante em uma única caixinha ou dividir em várias, se todas forem do mesmo tipo, como a caixinha RDB Resgate Diário, que rende 100% do CDI.
Agora vamos aos exemplos que você deu, levando em conta que hoje o CDI está rendendo 13,65% ao ano, de acordo com o site da B3.
EXEMPLO 1: Supondo que a taxa atual de 13,65% a.a. permanecesse inalterada, em um ano, o montante de R$ 20 mil em uma única caixinha do Nubank a 100% do CDI renderia R$ 2.730,00. Ou seja, ao final desse período, você resgataria R$ 22.730,00.
EXEMPLO 2: Caso fosse feito o fracionamento desse valor em três caixinhas com R$ 10 mil, R$ 8 mil e R$ 2 mil, ao final do mesmo período de um ano, com 100% do CDI, os rendimentos ficariam assim:
Caixinha com R$ 10 mil: R$ 1.365,00 de rendimento.
Caixinha com R$ 8 mil: R$ 1.092,00 de rendimento.
Caixinha com R$ 2 mil: R$ 273,00 de rendimento.
Observe que a soma dos rendimentos das caixinhas totaliza R$ 2.730,00. Resgatando o saldo das três caixinhas você teria o total de R$ 22.730,00, o mesmo valor que deixando tudo numa única caixinha.