Oi, @Thiago_de_Sousa. Boa tarde!
A gente agradece demais pelo feedback, tanto em relação ao horário de um pagamento agendado, quanto do atendimento em si.
Os pagamentos agendados realmente são realizados na madrugada do dia selecionado, sim, e entendemos que isso pode prejudicar o pagamento caso você esteja aguardando uma transferência chegar mais tarde no mesmo dia, já que não terá saldo o suficiente na tentativa.
De qualquer forma, toda vez que um pagamento é falhado, nós enviamos uma mensagem para o seu endereço de e-mail cadastrado com essa informação. Você realmente não chegou a receber este e-mail? 
E mais uma vez, valeu pelo feedback! Já repassei pro nosso time de engenheiros aqui da NuConta e eles já estão levando os pontos que você passou em consideração!
Abração!