@Lucas.b, você se refere ao que foi relatado nesse tópico aqui?
Realmente estranho. Se o IR é descontado na fonte, o desconto do IR deve ocorrer antes da entrada do valor líquido na conta. Se for só uma forma de exibição das informações, para dar transparência de quanto IR foi retido, menos mal. Mas se o valor está efetivamente entrando bruto na conta e somente depois o IR está sendo descontado, isso não é legal. Aliás, pode acabar minando o rendimento da conta, visto que o resgate deve sair do depósito mais antigo.
Vale, mesmo, o Nubank vir esclarecer isso ou, se for o caso, corrigir essa implementação.