Acredito que a melhor solução seja pagar antecipadamente a fatura para que o limite volte ao valor máximo. De toda forma, esse pode não ser o caso.
Assim, segue algumas respostas da Ajuda Nubank que talvez lhe sejam úteis: 
Posso comprar além do meu limite disponível? Tenho um limite emergencial?
Com o nosso app, você tem controle total sobre o seu limite. É possível visualizar seu limite de maneira simples e rápida, além de solicitar um aumento com a mesma facilidade.
Porém, em alguns casos, algumas compras podem ser aprovadas acima do seu limite máximo, quando você nao tiver limite disponível suficiente. Fazemos isso para evitar situações desagradáveis e ajudar os clientes em emergências. Não cobramos nenhuma tarifa para essa funcionalidade e ela não configura um aumento de limite máximo.
Por que meu limite está negativo?
Compras internacionais ou uso de financiamentos (como o rotativo ou parcelamento de fatura) podem deixar seu limite negativo. Essas operações envolvem IOF ou juros que também consomem seu limite.
Para que ele seja reestabelecido, basta fazer um pagamento de fatura.