Eu acho que você vai precisar resolver com a CAIXA, pois a mudança dos números não afeta nada nos boletos do Nubank.
Como o bug é no aplicativo da CAIXA, alguns procedimentos que o pessoal repassa aqui para o app do Nubank é desinstalar, apagar o cache(Android) e reinstalar novamente, mas fique ciente que a CAIXA pode solicitar uma nova autorização para acesso a conta.