Não sei exatamente o mecanismo, mas existe uma sutileza aí: 
Uma coisa pra ficar ligado também: aqueles benefícios vinculados à bandeira do cartão que precisam que a compra tenha sido feita com o cartão (proteção de preço, garantia estendida, seguro viagem…) provavelmente também não valem nas compras com Nupay, pelo mesmo motivo acima.