Olá @PassoCurto, tudo tranquilo?!
Cara, pra ter esse controle maior do que foi compra no cartão virtual e o que foi no físico, o único mecanismo que uso, pelo menos no próprio app do Nubank, é verificar no detalhamento da compra, qual a origem do cartão (virtual ou físico).
Quando você abre uma compra individual, o app te fornece vários dados, como por exemplo: data e hora, quantidade e valor das parcelas, e também identifica qual a natureza do cartão.
De toda forma, pra se organizar ainda melhor, há a possibilidade de renomear as compras (caso você deseje), e aí fica ainda melhor essa identificação.
Espero ter contribuído de alguma maneira. Abraço!