Se o valor da compra foi estornado de forma integral esse é o procedimento mesmo. Caso queira, basta antecipar as parcelas e pronto, você não pagará nada pela compra.
Suponhamos que você fez uma compra de R$1000 parcelada em 10x e a mesma é estornada de forma integral. Sua fatura será -R$900, pois você recebeu o estorno mas já tinha os R$100 da primeira parcela na fatura. Ao antecipar as outras 9 parcelas, sua fatura ficaria R$0.
Tente localizar o estorno em sua fatura como indicado nesse tópico. Depois encontre as parcelas antecipadas e verifique se o valor de todas elas somadas bate com o valor estornado.
Caso o valor não bata ou você tenha dificuldades para verificar isso, entre em contato com o Nubank através do chat que eles te ajudam certinho! 