Olá, @jcbalmeida, boas vindas à nossa Comunidade!
O colega @ThiagoMoura já deu os detalhes sobre as modalidades de caixinha, a incidência de IOF e o regime de tributação. Complementando para falar especificamente dos exemplos que você colocou:
No exemplo 1, espera-se o seguinte cenário:
Você tem um depósito de 1000 reais
O depósito rendeu x em 10 dias
Assim, neste décimo dia você tem 1000 * (1 + x), sendo que, em caso de movimentação do valor integral, a parcela correspondente ao rendimento (1000 * x) é sujeita a IR e IOF.
No caso de um resgate parcial de 500 reais, para que você receba 500 reais na conta o Nubank vai fazer um cálculo reverso de modo que um valor resgatado “y”, menos o IR e o IOF (aplicados sobre a parcela de y referente ao rendimento do montante resgatado, que é proporcional ao rendimento do todo) resultem nos 500 reais.
Na sua caixinha sobrará o valor correspondente a [1000 * (1 + x)] - y. Esse valor vai manter a referencia de data do depósito original, ou seja, já terá 10 dias.
No exemplo 2 o raciocínio é similar, tratando-se novamente de um resgate parcial, mas há um ponto de atenção: o resgate será feito sobre o depósito mais antigo, ou seja, aquele depósito original de 2000 reais que já não tinha IOF, incidirá somente o IR. Neste caso, vai ficar na caixinha um depósito de 30 dias com o que sobrar do resgate parcial, e o depósito de 10 dias inteiro, que tinha o valor inicial de 1000 reais.
Escrevi do celular, não ficou muito bem estruturado, mas tentei ser bem detalhado. Ficou mais claro?