Gerei uma DARF com código de barras pelo Sicalcweb (http://www.receita.fazenda.gov.br/Aplicacoes/ATSPO/SicalcWeb/default.asp?TipTributo=1&FormaPagto=1) e depois consegui agendar o pagamento pela NuConta.
Aparece no extrato como DARF/DARF-SIMPLES.
Acho que liberaram essa funcionalidade recente e silenciosamente 
