Cada nova aplicação nas caixinhas, é gerado um novo registro (depósito). Os impostos que incidem sobre esse tipo de investimento, IOF e IR, são calculados sobre cada depósito. Você pode conferir o cálculo de cada aplicação acessando a caixinha em questão, depois em “Rendimento” procure a opção “Detalhes dos depósitos”. Se você fez muitas aplicações na caixinha, você terá uma tela um pouco parecida com esta! 
Para visualizar os impostos de cada aplicação, é só clicar em algum dos valores!
Dessa forma, cada depósito tem seu próprio cálculo e uma nova aplicação não implica no cálculo de alguma aplicação feita anteriormente na mesma caixinha. Deu pra entender?