Realmente vai contra as regras da Conta do Nubank utilizar os boletos de depósito para realizar cobranças. Para isso é necessário utilizar a conta PJ e os boletos de cobrança, que são próprios para isso.
Você já está em contato com o Nubank? Fale com eles, explique a situação que eles irão verificar o seu caso.
Segue abaixo os canais para contato. Mas creio que esse tipo de problema só é resolvido via e-mail. Tomara que dê tudo certo.