Olá @Rafael_Fernando2 !
Isso aconteceu no inicio quando a demanda estava alta pois tinha acabado de lançar a funcionalidade.
Tente iniciar a inclusão do cartão diretamente do app do Nubank, lá no cartão virtual, clique para visualizar, e depois em “Configurar”
Aparece algumas opções como Excluir cartão virtual… e uma dela é Adicionar ao Apple Pay, clica nele e continue até o final os procedimentos.