Você só pode utilizar uma porcentagem do seu limite de crédito para pagamento de boletos. Se o seu limite normal, sem nenhuma compra feita, é de R$400, você só poderá pagar boletos menores do que esse valor.
Além disso, não é possível usar o pagamento antecipado de fatura para aumentar esse limite. Veja o que diz o Nubank sobre isso:
É importante dizer que pagamentos antecipados de fatura (aqueles em que você gera um boleto e paga um valor da fatura em aberto), não aumentam o limite para pagamento de boleto.