Oi @AugustoSantos, seja bem vindo! Então, como meu amigo @ree bem pontuou o Nubank, assim como qualquer outra instituição financeira, pode sim usar os valores disponíveis na Conta para quitar eventuais dívidas de empréstimo, cartão de crédito, ou similares.
Há uns anos fiz uma análise detalhada dessa alteração contratual, que inclusive deixo linkada aqui caso você queira dar uma olhada.