@JoaoTeixeira, mesmo os depósitos da NuConta são feitos em RDB e têm prazo de cerca de 2 anos. Você pode conferir os depósitos clicando em Conta → Histórico → Lista de depósitos.
Ah, e os depósitos do dinheiro guardado são os mesmos depósitos da NuConta, como você mesmo já observou.
A regra para as caixinhas, segundo informa o atendimento do Nubank, é retirar do depósito que vai recolher menos imposto. Normalmente vai ser o LIFO, mas não será sempre o caso. Existem algumas situações em que há depósitos feitos dias muito próximos, mas que estejam em alíquotas diferentes (seja de IOF ou de IR). Importante destacar que os depósitos mais recentes, embora estejam sujeitos a uma alíquota maior, têm menos rendimento acumulado, e isso acaba resultando em uma cobrança menor de impostos, visto que o imposto incide sobre o rendimento.