Olá, @Vinicius_Mizael. Seja bem vindo à nossa Comunidade!
Situação chata. Realmente, no caso dos MEI com essa regra de formação da Razão Social acaba ocorrendo uma exposição indevida de dados pessoais. 
Alô, Nubank!!
Ainda que não exista a opção implementada de forma nativa no aplicativo, você chegou a solicitar ao atendimento do Nubank que fizesse a atualização manual do DICT (que é a base de dados cadastrais do Pix) para a inclusão do nome de fantasia associado ao CNPJ? A meu ver, acredito que haja plenas condições para que isso seja feito e não deveria ter nenhum empecilho a menos de, no máximo, pedirem uma comprovação de que o nome de fantasia está cadastrado com o CNPJ.
Se não tentou, acho que vale a tentativa. E, havendo a negativa, acho que é o caso de acionar a Ouvidoria do Nubank para a tratativa deste caso. Seguem os dados para contato com a Ouvidoria:
Ouvidoria
Já conversou conosco e mesmo assim não
conseguiu resolver o que precisava? Nossa
Ouvidoria pode avaliar seu caso.Atendemos em dias úteis das 9h às 18h
(horário de São Paulo/SP).
Espero que dê certo 
e, se conseguir, não deixe de voltar aqui para nos contar 
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